مجلس الادارة هو السلطة العليا في الاشراف على الهيئة وتحقيق اهدافها ويختص فى ما يلي:-
1- اعتماد السياسة والاجراءات العامة للهيئة.
2- اعتماد خطة ادارة المخلفات.
3- اعتماد البنية التنظيمية للهيئة وتحديد صلاحياتها ومهامها وإداراتها الداخلية ولجانها وأقسامها.
4- منح الصلاحيات والغائها لأي لجنة او طرف آخر بحسب ما يقتضيه الحال ويكون في مصلحة تحقيق اهداف الهيئة.
5- اقرار وتعديل الميزانية السنوية وخطط تحسين رأس المال واعتماد الميزانية العامة للحسابات النهائية للهيئة.
6- التعامل مع جميع الشؤون المالية للهيئة بما في ذلك تسوية أو انهاء اي قرض او تحويل او تسهيل ائتماني أو الدخول في ضمانات أو تعويضات أو كفالات مالية أيا كان نوعها.
7- فتح وتشغيل واغلاق الحسابات البنكية وايداع الاموال وآلية الاستثمار أو الصرف من الاموال.
8- اعداد واعتماد التقرير السنوي حول انجازات الهيئة ورفعه للمجلس التنفيذي.
9- اصدار اللوائح التنظيمية الإدارية والمالية المنظمة لشؤون الهيئة.
10- الموافقة على تأسيس اي شركة أو فرع أو مكتب أو انشاء مشاريع مشتركة او الاستعانة باي شخص أو شركة بقصد تحقيق اهداف الهيئة.
11- الموافقة على تملك العقارات أو التصرف بها في التأجير أو التأجير من الباطن والرهن بما في ذلك اي نفقات لراس المال تكون ضمن السياق الطبيعي لأهداف الهيئة.
12- الموافقة على اتفاقيات وعقود الخدمات التي يبرمها أي عضو من اعضاء مجلس الادارة.
13- الموافقة لأي من اعضاء مجلس الادارة للتوقيع على الشيكات وفقا لآلية التوثيق التي يعتمدها المجلس.
14- اعتماد نظام الترخيص لشركات ادارة المخلفات في القطاع الخاص واعتماد رسوم الترخيص المفروضة عليها.
15- وضع نظام الرسوم المستحقة على كافة الجهات الحكومية والخاصة والمقيمين بخصوص جمع النفايات ومعالجتها واعادة تدويرها والتسميد والحرق.
16- اعتماد اجراءات التفتيش والتدقيق والرقابة على جميع الجهات الحكومية والخاصة وشركات ادارة النفايات بما في ذلك التسميد واعادة التدوير.
17- اعتماد اجراءات التعقب الالكتروني لتوليد النفايات ونقلها وتخزينها والتخلص منها.
18- وضع الخطط الخاصة بالشراء ومرآب السيارات والورش الخاصة بالسيارات أو الاستعانة بمصادر خارجية بهذا الخصوص.
19- وضع نظام موارد بشرية يشمل تعيين الموظفين وتحديد رواتبهم وبدلاتهم وانهاء خدماتهم والعقوبات المفروضة عليهم واي احكام أخرى تتعلق بالموارد البشرية.
20- وضع البرامج التدريبية المتعلقة بتوفير الموظفين المؤهلين والمختصين.
21- اقتراح الرواتب لرئيس واعضاء المجلس التي سيصدر بها قرار من المجلس التنفيذي.
22- تنفيذ شروط التشريعات البيئية الاتحادية والمحلية.
23- اعتماد جدول موحد للغرامات والمخالفات المفروضة على الجهات المعنية عن مخالفاتها لأحكام ادارة المخلفات.
24- وضع الخطط لتطوير توليد الطاقة من الغاز المنبثق من مواقع الدفن والمعالجة العضوية الحرارية بقدر جدواها الاقتصادية.
25- وضع خطط التحكم بالمخزونات القابلة للتدوير في الامارة والمشاريع التجارية في اعمال التدوير واحكام التخلص الآمن او التدوير لموارد المخلفات.
26- وضع الخطط لمراقبة التخلص من الوقود البديل تحت اشراف الهيئة والتخلص منها في افران اسمنتية.
27- تعيين المستشارين القانونيين والخبراء بصفة عامه ومنحهم الصلاحيات اللازمة لتنفيذ مهامهم.
28- الموافقة على ابرام عقود وبوالص التأمين اللازمة لأعمال الهيئة.
29- فرض الغرامات على جميع المخالفين للوائح أو الاوامر المحلية أو الاتحادية أو الدولية.