تباشر الهيئة الاختصاصات التي تكفل تحقيق الغرض من منظومة النقل البحري في الإمارة، ولها على الأخص القيام بالمهام الآتية: 1.وضع خطة شاملة لمنظومة النقل البحري وجميع الأعمال الإنشائية المتعلقة به، واعتماد برامج ومشروعات تطويره، واستثماره، والإشراف على تنفيذها بالتنسيق مع الجهات المعنية.
2. تحديد الخطوط الرئيسية لشبكة النقل البحري في الإمارة، والمسارات، والمواقع المسموح فيها بمزاولة الأنشطة البحرية، والعلامات الإرشادية لها، والسرعات المصرح بها للوسائل البحرية، وذلك بالتنسيق مع الجهات المعنية.
3.تحديد مواقع مراسي الوسائل البحرية ومحطاتها وأماكن إيوائها، وذلك بالتنسيق مع الجهات المعنية.
4.وضع المعايير والمواصفات الفنية الخاصة بالوسائل البحرية ومراسيها ومحطاتها وأماكن إيوائها، وكذا القواعد والشروط الخاصة بتشغيلها واستخدامها.
5. وضع المعايير والاشتراطات البيئية للملاحة البحرية الداخلية بالتنسيق مع هيئة حماية البيئة والتنمية.
6.إعداد اللوائح المتعلقة بمعايير الأمن والسلامة ومتطلباتهما بما يتوافق مع أعلى المعايير العالمية المعمول بها.
7.وضع نظام للرقابة على الوسائل البحرية ومتابعتها وتفتيشها.
8.التفتيش على جميع الوسائل البحرية المرخص لها، وأطقم تشغيلها، ومراسيها ومحطاتها وأماكن إيوائها للتأكد من سلامتها، وتطبيقها إجراءات الأمن والسلامة، والمعايير والاشتراطات البيئية.
9.الرقابة على جميع الأنشطة والفعاليات التي قد تؤثر على الحركة الملاحية داخل مياه الإمارة.
10.تسجيل الوسائل البحرية وترخيصها.
11.ترخيص السائقين وأطقم الوسائل البحرية.
12.مراقبة مدى التزام الشركات المشغلة بشروط التصاريح الصادرة لها من الهيئة، وبنود العقود والاتفاقيات المبرمة معها.
13.استخدام أحدث وسائل المراقبة الإلكترونية للوسائل البحرية.
14.إنشاء قاعدة بيانات شاملة لخدمة النقل البحري داخل الإمارة، بهدف إعداد الدراسات المتخصصة لتطوير وتحسين الخدمة في الإمارة.
15.عقد الدورات التدريبية اللازمة لتأهيل أطقم الوسائل البحرية بالتنسيق مع الجهات المعنية.